Stein am rhein jest gminą i historycznym szwajcarskim miastem kantonu schaffhausen, położonym we wschodniej eksklawie kantonu, na skrajnie zachodnim brzegu jeziora bodeńskiego. graniczy od północnego zachodu z gminą hemishofen, od północnego wschodu z öhningen, od południa z eschenz, a od południowego zachodu z wagenhausen.