Kanały chlorkowe przenoszą aniony chlorkowe przez błony komórkowe, regulując wzbudzenie elektryczne mięśni szkieletowych oraz przepływ soli i wody przez bariery nabłonkowe. Odgrywają również ważną rolę w regulacji pH, homeostazy objętości, transportu substancji rozpuszczonych organicznych, migracji komórek, proliferacji i różnicowania komórek. Genetyczne defekty w kanałach cl leżą u podstaw kilku rodzinnych chorób mięśni i nerek.